Esistono diverse macchie che possono essere utilizzate per visualizzare e fotografare il DNA dopo che il materiale è stato separato mediante elettroforesi su gel. Tra le molte scelte, queste cinque varietà sono le più comuni a cominciare dal bromuro di etidio, che è il più usato. Quando si lavora con questo processo, è importante non solo conoscere le differenze tra i ceppi, ma i rischi intrinseci per la salute.
01 Bromuro di etidio
Il bromuro di etidio è probabilmente il colorante più noto usato per visualizzare il DNA. Questo colorante può essere utilizzato nella miscela di gel, nel tampone di elettroforesi o per colorare il gel dopo che è stato eseguito. Le molecole del colorante aderiscono ai filamenti di DNA e fluorescenti sotto luce UV, mostrando esattamente dove si trovano le bande all'interno del gel. Nonostante il suo vantaggio, il rovescio della medaglia è che il bromuro di etidio è un potenziale cancerogeno, quindi deve essere maneggiato con grande cura. A causa dei potenziali rischi per la salute di lavorare con questo gel, sono state trovate alternative. 02 SYBR Gold
Il colorante SYBR Gold può essere usato per colorare DNA a doppio filamento o a singolo filamento o per colorare l'RNA. L'oro di SYBR è stata una delle prime alternative al bromuro di etidio a colpire il mercato ed è considerata più sensibile rispetto al bromuro di etidio. La tintura presenta una fluorescenza UV 1000 volte maggiore una volta legata agli acidi nucleici. Quindi penetra gel densi e ad alta percentuale di agarosio e può essere utilizzato nei gel di formaldeide. Poiché la fluorescenza della molecola non legata è così bassa, non è necessario il decoloramento. Anche le Sonde Molecolari di licenza hanno (sin dal lancio di SYBR Gold) sviluppato e commercializzato SYBR Safe e SYBR Green che sono alternative più sicure al bromuro di etidio.
03 SYBR Green
Le macchie SYBR Green I e II (ancora commercializzate da Molecular Probes) sono ottimizzate per diversi scopi. Poiché si legano al DNA, sono ancora considerati potenziali mutanti e, per questo motivo, devono essere maneggiati con cura. SYBR Green I è più sensibile per l'uso con DNA a doppio filamento, mentre SYBR Green II, d'altra parte, è l'ideale per l'uso con DNA a filamento singolo o RNA. Come la famosa macchia di bromuro di etidio, queste macchie altamente sensibili si riflettono sotto luce UV. 04 SYBR Safe
SYBR Safe è stato progettato per essere un'alternativa più sicura all'ethidium bromuro e ad altre macchie SYBR. Non è considerato un rifiuto pericoloso e può generalmente essere smaltito attraverso i normali sistemi di fognatura (cioè verso il basso), poiché i test di tossicità indicano che non vi è tossicità acuta. I test indicano anche che c'è poca o nessuna genotossicità sulle cellule dell'embrione di criceto siriano (SHE), sui linfociti umani, sulle cellule di linfoma di topo e nel test di AMES. La macchia può essere utilizzata con un transilluminatore a luce blu che provoca meno danni al DNA visualizzato e offre una migliore efficienza per la successiva clonazione. 05 Eva Green
Eva Green è un colorante fluorescente verde che è stato trovato per inibire la PCR in misura minore rispetto ad altri coloranti. Ciò lo rende molto utile per applicazioni come PCR quantitativa in tempo reale. È anche una buona scelta se si utilizzano gel punto basso punto di fusione per il recupero del DNA. È molto stabile alle alte temperature e ha una fluorescenza molto bassa da sola, ma è altamente fluorescente quando è legato al DNA. È stato anche dimostrato che Eva Green ha una citotossicità o una mutagenicità molto bassa o nulla.